在南京进行无创亲子鉴定时，主要需要准备以下材料：

身份证明材料
双方有效证件：通常包括身份证、户口本、护照等官方认可的身份证明文件。这些证件用于核实鉴定双方的身份信息，确保鉴定过程的合法性和准确性。

鉴定样本
孕妇样本：对于无创胎儿亲子鉴定，孕妇需要提供10毫升左右的静脉血样本。这种样本采集方式简单、安全，对孕妇和胎儿均无伤害。
疑似父亲样本：疑似父亲的样本可以是多种类型的DNA信息载体，如血液、血痕、指甲、带毛囊的头发（至少5根以上，且带有毛囊）、口腔拭子、口香糖、烟头等。这些样本均可以用于提取DNA进行亲子鉴定。

其他可能需要的材料
鉴定申请书：部分鉴定机构可能要求申请人填写鉴定申请书，明确鉴定目的、所涉及的亲子关系以及申请人的基本信息等。
委托书：如果鉴定是由第三方机构或个人委托进行的，可能还需要提供委托书，说明委托鉴定的原因、目的和双方的关系等。

注意事项
选择正规机构：确保所选择的鉴定机构具有合法资质和良好信誉，能够提供准确、可靠的鉴定服务。
保护个人隐私：无创亲子鉴定涉及个人隐私信息，应选择有严格保密措施的鉴定机构，确保个人信息的安全。
遵循鉴定流程：按照鉴定机构的要求和流程进行申请、采样和缴费等操作，确保鉴定过程的顺利进行。
确认鉴定结果：在收到鉴定结果后，应仔细核对报告内容，确认无误后再进行后续处理。如果对鉴定结果有异议，可以向鉴定机构提出复议申请或寻求法律途径解决争议。

综上所述，在南京进行无创亲子鉴定时，需要准备双方有效证件、鉴定样本以及其他可能需要的材料，并遵循一定的流程和注意事项来确保鉴定结果的准确性和合法性。