重庆司法亲子鉴定流程主要包括以下五点：
1.咨询：向当地具有《司法鉴定许可证》的司法亲子鉴定机构咨询司法亲子鉴定的相关信息和要求。

2.预约：确定鉴定机构后，预约具体的检测时间和地点，同时了解需要携带的证件和材料。

3.准备：携带所有参与鉴定人员的有效身份证件，如身份证、户口本等，并按照预约时间前往鉴定机构。

4.采样：在鉴定机构，工作人员会核实参与鉴定人员的身份，并进行DNA样本的采集，通常是采集指尖血作为样本。

5.报告：样本送至实验室进行DNA比对分析，鉴定完成后，机构会出具正式的鉴定报告。报告具有法律效力，可用于法律诉讼、公证、户口申报等正式场合。

重庆司法亲子鉴定需要准备的主要材料包括：

1.身份证件：所有被鉴定人（包括父母和子女）必须提供本人真实有效的身份证件，如身份证、户口本或出生证明等。这些证件用于确认被鉴定人的身份，确保鉴定结果的准确性和法律效力。

2.鉴定申请书或委托书：根据国家规定，进行司法亲子鉴定需要填写司法鉴定申请书或委托书。这些文件通常由法院、律师事务所或相关部门提供，并需要明确说明鉴定的目的、要求和双方的基本信息。如果是单方面申请亲子鉴定，也需要提供相关的申请书，并说明申请鉴定的理由和目的。

3.生物样本：司法亲子鉴定需要提供被鉴定人的生物样本，常用的样本包括指尖血。这些样本中包含了被鉴定人的DNA信息，是鉴定过程中不可或缺的部分。在采集样本时，需要遵循专业人员的指导，确保样本的完整性和无污染。

重庆司法亲子鉴定不可以在医院做的原因主要有以下方面：
首先，医院可能不具备DNA亲子鉴定的承接业务资质。其次，医院的机器设备可能无法满足亲子鉴定检测的技术要求。再者，医院可能无法很好地满足亲子鉴定客户对隐私保护的要求。

因此，进行司法亲子鉴定时，应选择具有专业资质和设备的鉴定机构。