在南京进行个人隐私亲子鉴定时，主要需要准备以下材料：

样本材料
个人隐私亲子鉴定主要用于个人私下了解被鉴定人与他（她）是否为亲生关系，此类鉴定不需要提供身份证件，但鉴定双方需要提供用于检测的样本。常见的样本类型包括：

血液样本：通过指尖采血或静脉采血获得，含有丰富的DNA信息。
口腔拭子样本：使用医用棉签在口腔内轻轻擦拭，收集口腔黏膜细胞作为样本。
毛发样本：采集带有毛囊的头发，毛囊部分含有细胞核DNA，适用于亲子鉴定。注意，剪下来的或自然脱落的头发因不包含毛囊，通常无法用于有效的DNA检测。
此外，根据具体情况，还可以选择指甲、牙刷、烟头、口香糖等其他类型的样本进行鉴定。但需要注意的是，不同样本的DNA含量和稳定性存在差异，可能影响鉴定结果的准确性和可靠性。因此，在选择样本时，最好咨询专业鉴定机构的建议。

其他可能需要的材料
虽然个人隐私亲子鉴定不需要提供身份证件，但在某些情况下，鉴定机构可能要求提供以下材料以辅助鉴定过程：

照片：部分鉴定机构可能要求提供被鉴定人的照片，以帮助鉴定人员更好地了解被鉴定人的外貌特征和身体情况。
鉴定申请书：有些鉴定机构可能要求申请人填写鉴定申请书，明确鉴定目的、所涉及的亲子关系以及申请人的基本信息等。

注意事项
选择正规机构：确保所选择的鉴定机构具有合法资质和良好信誉，能够提供准确、可靠的鉴定服务。可以通过查询相关部门的官方网站或咨询专业人士来了解机构的资质和信誉情况。
保护个人隐私：个人隐私亲子鉴定涉及个人隐私信息，应选择有严格保密措施的鉴定机构，确保个人信息的安全。在鉴定过程中，避免在不必要的场合透露鉴定信息。
遵循鉴定流程：按照鉴定机构的要求和流程进行申请、采样和缴费等操作。在采样时，要遵循专业人员的指导，确保样本的完整性和无污染。
确认鉴定结果：在收到鉴定结果后，应仔细核对报告内容，确认无误后再进行后续处理。如果对鉴定结果有异议，可以向鉴定机构提出复议申请或寻求法律途径解决争议。

综上所述，在南京进行个人隐私亲子鉴定时，主要需要准备样本材料和其他可能需要的辅助材料。同时，需要选择正规机构、保护个人隐私、遵循鉴定流程并确认鉴定结果。